biostatistique

Nous demandons aux lecteurs qui n'auraient pas encore acheté l'ouvrage de ne pas lire ce qui suit.

Le contenu de cette page pourrait les dissuader de procéder à l'achat de l'ouvrage... voir même de le lire.

Dans cet ouvrage, nous avons défini trois niveaux de pratique :

Débutant :				Amateur :				Expert :

En réalité, le niveau débutant ressemble plutôt à ça :

Le niveau amateur ressemble plutôt à ça :

... et le niveau expert à ça :

En effet, le débutant progresse,

l'amateur devient autonome,

et l'expert prend conscience que sa quête pour la maitrise des statistiques n'aura jamais de fin.

[Anecdote]

Délire d'auteurs

Comme la rédaction d'une thèse celle d'un manuel de biostatistique est une aventure passionnante, qui ne manque pas de périodes de tensions, de surmenage, de stress, d'insomnies... Des co-auteurs apprennent à se connaitre, découvrent que le Seigneur des Anneaux fait partie de leur culture commune et se mettent à vivre la rédaction comme leur "quête de l'Anneau".

Les mails ne commencent plus par "Bonjour," ou "Salut !" mais pas "Cher Frodon" ou "Cher Gandalf". On n'écrit plus "J'ai trouvé 6 erreurs sur la page x", mais "Saroumane a jeté un sort sur la page x". On ne dit plus "C'est la galère", mais "C'est le Mordor"...

Ironie de l'Histoire

Enfin, le 21 décembre 2017, c'est l'envoi final de tous les fichiers. Au dernier "clic" il y a un sentiment de vide et de désœuvrement... le moment typique où l'on se pose une question que l'on ne s'était pas posée depuis des mois : "Qu'y a-t-il à la télévision ?". Internet nous donne la réponse : France 3 a programmé... Le Seigneur des Anneaux !

Retour aux statistiques

Nous n'avons pas toutes les données en main (fréquence de programmation de la première partie du Seigneur des Anneaux sur une chaine gratuite, nombre de fois que des auteurs passionnés par cette œuvre terminent un ouvrage dans leur vie...), mais une chose est certaine : c'est que la probabilité de cette programmation un tel jour était extrèmement faible. Les statistiques nous mènent donc à conclure que cette co-incidence n'était raisonnablement pas attribuable au hasard. Comment dans ces conditions, ne pas envisager une intervention personnelle de Gandalf ??? (et comment dans ces conditions continuer à faire confiance aux statistiques ?)

[Anecdote...]

C'était il y a quelques années, à une époque où je faisais plus de neurosciences que de statistiques.

Nous sommes dans les Hautes-Pyrénées au mois de mars, à 2500 m d'altitude dans une de ces "cabanes fortunées" noircies par la fumée et qui sentent le feu de bois et le moisi. Il fait déjà nuit et presque 12° dans la cabane.

Nous commençons le casse-croûte avant d'aller dormir quand nous entendons un groupe poser les raquettes à l'extérieur et entrer. Parmis la dizaine de clients amenés par l'accompagnateur, j'en voit un que je suis sûr de connaître... mais d'où ?

Lorsqu'il me remarque, il se fige et me dévisage.

"Vous ??? Vous êtes ici ? Mais je croyais que vous étiez passionné par les statistiques !"

J'ai alors compris que c'était un étudiant avec qui nous avions eu cours deux jours plus tôt.

Après l'avoir rassuré sur le fait qu'une passion pour les statistiques la semaine était compatible avec celle pour la montagne le week-end, le tutoiement de rigueur dans ces circonstances a vite repris ses droits, et la discussion a évolué vers les voyages lointains et l'aventure.

X.N.

Photo : Hadrien Lalagüe

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Le chapitre 1 est une présentation des bases de la méthodologie de la recherche.
  
Le chapitre 2 explique les statistiques par une approche intuitive.

Le chapitre 3 vous permet d'utiliser le logiciel R pour traiter vos données.

Le chapitre 4 est une collection d'outils permettant de choisir les procédures statistiques adaptées à vos données. Les premières fiches sont des "clés" à l'image des clés de détermination des fleurs ou des animaux, d'arbres décisionnels... Les suivantes vous donnent des informations supplémentaires pour justifier vos choix ou les élargir.

Les chapitres 5 (tests paramétriques), 6 (tests non paramétriques) et 7 (analyses multivariées) constituent une "testothèque", c'est-à-dire une bibliothèque de tests statistiques.

Les dix sujets supplémentaires de la fiche 74 sont à nouveau utilisés.
CervSup <- read.table("CerveauSup.txt", header=TRUE)
Predictions = 2.148348e+02
- 1.130265e-01 * CervSup$Amygdale1 - 4.693482e-01 * CervSup$Amyg
dale2
+ 6.235621e-02 * CervSup$CxAuditif - 6.295800e-02 * CervSup$CxCin
gulaire
- 2.048857e-02  *  CervSup$CxMoteur  +  2.711242e-02  *  CervSup$Cx
Temporal
- 1.696044e-02  *  CervSup$CxVisuel  +  9.033123e-01  *  CervSup$Hip
pocampe1
+ 1.344044e-02  *  CervSup$Hippocampe2  -  4.335977e-02  *  Cerv
Sup$Hippocampe3
- 1.137500e+00 * CervSup$Striatum + 8.503307e-05 * CervSup$Thal
amus
Enfin, ces prédictions sont comparées aux valeurs observées :
cor.test(CervSup$Score, Predictions, alternative=”greater”)
t.test(CervSup$Score, Predictions, paired=TRUE)
Le coefficient de corrélation de Pearson entre valeurs prédites et observées est r=0,608, coef-
ficient de corrélation significatif (p=0,031 ; t=2,17 ; ddl=8 ; test unilatéral). De plus, le test t de
Student pour échantillons appariés ne montre pas de biais systématique significatif (p=0,72 ;
t=0,37 ; ddl=9). Nous pouvons donc considérer que le modèle possède une valeur explicative.
Comme pour les autres régressions, la question de savoir si sa valeur prédictive est satisfaisante
dépendra des exigences du chercheur au regard du coefficient de corrélation entre les valeurs
prédites et les valeurs observées, et évidemment des résultats au test t de Student.